Auch die E.II blieb eine Übergangslösung: Die meistgebaute Variante war die Fokker E.III mit gleichem Motor, aber größerer Spannweite. Ein größerer Benzintank erhöhte die Flugdauer um eine Stunde. Noch während der laufenden Fertigung wurden einige E.II zur E.III umgebaut oder später bei Reparaturarbeiten nachträglich aufgerüstet. Die erfolgreiche E.III wurde in kleinen Stückzahlen an die Marine und an Verbündete geliefert: drei wurden an die bulgarischen, 22 an die osmanischen und 18 an die österreichisch-ungarischen Luftstreitkräfte geliefert; letztere bewaffneten ihn mit 8-mm-Schwarzlose-MG.

Versuchsweise wurde mindestens eine Fokker E.III anstatt mit Leinwand mit „unsichtbarem“ Cellon bespannt, was sich jedoch nicht bewährte. Dieser Bezug, ein Celluloid-ähnlicher Kunststoff, reflektierte das Sonnenlicht und änderte je nach Temperatur seine Ausdehnung.